روه مهندسی صنايع از اولين گروه‌های تشکيل دهنده دانشکده مهندسی دانشگاه تربيت مدرس بود که در سال 1363 با پذيرش 5 نفر دانشجو در سطح کارشناسی ارشد مهندسی صنايع اولين دوره تحصیلات تکمیلی مهندسی صنایع در ايران را راه اندازی کرد. در مدت کوتاهی پس از تأسیس، گروه مهندسی صنايع در راستای سياست توسعه‌ای دانشگاه به بخش مهندسی صنايع با سه گروه مهندسی صنايع، مديريت سيستم و بهره وری، و مهندسی سيستم های اقتصادی - اجتماعی ارتقاء يافت. گروه مهندسی فناوری اطلاعات نیز بعداً به گروه‌های بخش اضافه شد. در سال 1368، اولين دوره دکترای مهندسی صنايع کشور توسط بخش مهندسی صنايع با پذيرش 2 دانشجو آغاز گرديد و اولين مدرک دکترای مهندسی صنايع کشور در سال 1375 داده شد. از آن تاریخ تاکنون، حدود 1000 دانش‌آموخته کارشناسی‌ارشد و 100 دانش‌آموخته دکتری مهندسی صنایع از دانشگاه تربیت مدرس فارغ التحصیل شده‌اند که به مناصبی چون عضویت در هیأت علمی دانشگاه‌های معتبر داخلی و خارجی، و نیز مدیریت ارشد بنگاه‌های صنعتی و خدماتی وزارت، معاونت وزارت، نمایندگی مجلس، ریاست دانشگاه، ریاست دانشکده، عضویت در هیأت علمی دانشگاه‌های معتبر داخلی و خارجی، و نیز مدیریت ارشد بنگاه‌های صنعتی و خدماتی دست یافته‌اند. در سال 1394 بر اساس توانمندی ها و دستاوردهای بخش مهندسی صنایع، هیأت امنای دانشگاه تربیت مدرس با ارتقای سازمانی آن به دانشکده مهندسی صنایع و سیستم‌ها موافقت نمود و بدین ترتیب زمینه برای رشد هرچه بیشتر این واحد علمی فراهم‌تر شد.