سرانجام حضرت فاطمه بر اثر هجوم به خانه اش و وقایع پس از آن بیمار و در بستر بیماری افتاد. در ایام بیماری، آن حضرت روزی امام را فراخواند و آن حضرت را وصی خویش قرار داد كه پس از وفاتش،جسدش را شبانه غسل دهد، شبانه كفن و دفن كند و احدی از كسانی كه در حق او ستم روا داشته اند، در مراسم تدفین و نماز خواندن بر پیكر او حاضر نباشند.
سرانجام روز سوم جمادی الثانی سال یازدهم هجری، دخت پیامبر اسلام، دنیا را وداع گفت و به شهادت رسید، در حالی كه از عمر مباركش بنا بر مشهور، 18 سال بیشتر نمی گذشت و بنا بر روایت های مشهور تنها 95 روز پس از رحلت رسول خدا در این دنیا زندگی كرد.